医師はインボイス制度への登録が必要？取引先や勤務形態別に解説

2023年10月より、インボイス制度（正式名：適格請求書等保存方式）が始まりました。今後はインボイス（適格請求書）がないと、仕入税額控除が受けられなくなります。

一般的に「仕入れ」と聞くと、仲買業者や卸業者などを想像するため、医師とは無関係に思われるかもしれませんが、インボイス制度は課税取引のある自営業者・フリーランス・個人事業主など多くの職業に関係する制度であり、勤務形態によっては医師も登録の検討が必要です。

この記事では医師とインボイス制度の関係や登録の必要性について解説します。

執筆者：山﨑　裕佳子

1級ファイナンシャル・プランニング技能士/CFP®認定者

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インボイス制度とは

そもそもインボイス制度とは何でしょうか。まずは、一般的な消費税のしくみからおさらいしましょう。

消費税のしくみ

消費税は、消費者が負担する税です。生産者や店舗などの事業者がモノやサービスに転嫁して消費者から預かり、国に納付します。

事業者は、売上時に預かった消費税から、仕入れ時に負担した消費税を控除することができます。これを「仕入税額控除」といいます。

たとえば、弁当屋が農家から野菜を仕入れて、客に弁当を販売する場合の消費税の流れを見ていきましょう。

※便宜的に軽減税率を考慮せず、消費税10％として計算します。

弁当屋は、農家から2,000円で野菜を仕入れた時に、200円の消費税を負担します。仕入れた野菜で弁当を作って3,000円で販売すると、消費者から300円の消費税を預かります。仕入税額控除を受ければ、弁当屋は預かり消費税から負担消費税を控除できるため、消費税の納付額は100円で済みます。

仕入税額控除と適格請求書の関係

先の例では、消費者が負担した消費税は300円でした。200円を農家が、100円を弁当屋が納付することで辻褄が合います。

インボイス制度導入前は、弁当屋は「区分記載請求書」があれば仕入税額控除を適用し、消費税額を相殺することができました。しかしインボイス制度導入後は、仕入税額控除を受けるために「適格請求書」（インボイス）が必要になります。

適格請求書とは、売り手が買い手に対して正確な適用税率や消費税額を伝えるものです。これまで使われてきた「区分記載請求書」に、税務署から登録を受けた「T」で始まる13桁の登録番号と、適用税率、消費税額などを追加した請求書です。

【適格請求書の例】

国税庁「適格請求書等保存方式の概要―インボイス制度の理解のために―」p.5より
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/0020006-027.pdf

インボイス制度導入後、農家は弁当屋からこの適格請求書の発行を求められる可能性があるのです。

課税事業者が免税事業者と取引すると税負担が増える？

課税事業者とは、消費税の納付義務がある事業者のことで、年間の課税売上高が1,000万円を超える事業者が該当します。

一方、年間の課税売上高が1,000万円以下の事業者は消費税の納付義務がなく、免税事業者として扱われます。

免税事業者があえて課税事業者に転換する選択もできますが、免税事業者のままであれば消費税が益税となることから、小規模事業者の多くは免税事業者のまま事業を行っています。

しかし、適格請求書は課税事業者のみが発行できる請求書です。インボイス制度において、免税事業者は適格請求書の発行ができません。適格請求書が発行されないと、取引先は仕入税額控除を受けられなくなり、消費税の負担が増えることになります。

先の例で言うと、仮に農家が免税事業者の場合、弁当屋は適格請求書を受け取ることができないため、仕入税額控除が受けられません。結果、預かり消費税300円を全額納付することになり、負担が増えてしまいます。

弁当屋が仕入税額控除を受けるためには、農家に課税事業者に転換してもらい、インボイス制度への登録をしてもらう必要があるのです。

医師はインボイス制度への登録が必要？【取引相手別】

ここまでは一般例で説明してきましたが、医師も売り手側の立場になった時、取引先によってはインボイス制度への登録が必要なケースが出てきます。

法人や課税事業者との取引がある場合

法人や課税事業者と取引をする場合、取引先から適格請求書を求められることがあるでしょう。先述のとおり、適格請求書がないと取引先が仕入税額控除を受けることができなくなり、消費税の負担が増えてしまうからです。

場合によっては、仕入税額控除ができない分の値下げ交渉を受けたり、取引を停止されたりすることも考えられます。行き過ぎた行為は禁止されているものの、別の理由をこじつけた要求が無いとは言い切れません。

そのため、法人取引が多い場合はインボイス制度へ登録し、適格請求書の発行を検討する必要があるでしょう。

個人や免税事業者との取引のみの場合

取引相手が個人や免税事業者のみの場合は、インボイス制度への登録の必要性は低いと考えられます。個人または免税事業者は消費税の納付義務がないため、適格請求書を求められることはないと考えられるからです。少なくとも、急いで登録する必要はないでしょう。

法人・個人どちらとも取引がある場合

取引先の種別が混在している場合は、取引先の業種や売り上げ全体に対する課税事業者の比率などを考慮し、ケースバイケースで検討することをおすすめします。

インボイス制度への登録はあくまで任意です。課税事業者になれば消費税の納付義務を負うことになりますので、これらを天秤にかけて判断しましょう。

医師はインボイス制度への登録が必要？【勤務形態別】

勤務医として給与所得のみを得ている医師であれば、勤務先の売上規模に関係なく、インボイス制度への登録は不要です。

開業医の場合や、給与所得とは別の所得がある場合は、取引先から適格請求書の発行を求められる場合があります。

開業医やクリニック経営者の場合

たとえば、課税売上高1,000万円以下の免税事業者であるクリニックが、企業の集団検診や予防接種を請け負ったとします（集団検診や予防接種は消費税課税取引です）。

これまでは、取引先の企業は消費税の仕入税額控除を適用して消費税を相殺できていましたが、インボイス制度導入後は、クリニックが発行する適格請求書がなければ、消費税を相殺できません。

つまり企業側の消費税負担が増えてしまうため、開業医やクリニック経営者は、企業から適格請求書の発行を求められることが予想されます。

先述のとおり、法人や課税事業者と取引することが多い場合はインボイス制度への登録を検討しましょう。

個人事業主として事業所得がある場合

勤務医として働きながら、ほかに事業所得などがある医師もいらっしゃるでしょう。副業として講演や原稿執筆などをしているケースです。

取引先が課税事業者の場合は、適格請求書を求められるケースがあります。課税売上がそれほど多くなくても、インボイス制度への登録を検討する必要があるかもしれません。

業務委託で医業をしている場合

病院や企業事業所などとの業務委託契約により医業を行っている場合は、給与所得ではなく事業所得となるため、取引先から適格請求書の発行を求められる可能性があります。

取引先が課税事業者なのかを確認して、インボイス制度の登録が必要か検討してください。

まとめ

勤務医の場合、インボイス制度への登録は不要です。しかし法人や課税事業者と取引をする開業医や個人事業主の医師は、インボイス制度への登録を検討する必要があるでしょう。売り手側の立場で取引先が課税事業者なのか、免税事業者や個人なのかを基準に判断します。

免税事業者が適格請求書を発行するためには、課税事業者への転換とインボイス制度への登録が必要ですが、インボイス制度への登録はあくまで任意です。課税事業者になれば消費税の納付義務を負うことになりますので、インボイス制度に登録する場合・しない場合のメリット、デメリットを天秤にかけて判断されることをおすすめします。